Kostel vznikl v druhé polovině 17. století na místě 23 zbořených středověkých domů. Po své dostavbě byl zasvěcen patronovi a zakladateli jezuitského řádu sv. Ignáci z Loyoly. Jezuité byli známi tím, že byli dle vzoru svého zakladatele podřízeni tvrdé kázni, bezpodmínečné poslušnosti a téměř kasárenskému způsobu života.

Kostel sv. Ignáce s původní novoměstskou jezuitskou kolejí patří mezi jedny z prvních ranně barokních staveb v Praze a je považován za třetí největší jezuitský komplex v Evropě. Architekt Carlo Lurago si jako vzor pro jeho stavbu zvolil hlavní římský jezuitský chrám Il Gesù.

Na vrcholku průčelí kostela si můžete všimnout sochy sv. Ignáce a všimněte si také jedné ze zdejších zajímavostí, a to provedení svatozáře, která obklopuje celé světcovo tělo. Tato svatozář byla ve své době chápána jako značně pobuřující. Dle církevních pravidel mohl mít svatozář kolem celého těla pouze Kristus, ale Jezuité byli řádem s tak silným postavením, že si tuto výstřednost mohli dovolit.